A nem is olyan távoli jövőben az emberiség olyan szintre fejlődött, hogy a teljes test gépbe ültetése lehetővé válik. Ez lehetővé teszi mind a fizikai, mind a kibernetikai képességek nagymértékű növekedését, és elmosódnak a határok a két világ között. Ugyanakkor a bűnözők is teljes mértékben kihasználhatják az új technológiát, ami újfajta bűncselekményekhez vezet. Az ilyen innovatív, új módszerekre válaszolva a japán kormány létrehozta a 9. szekciót, egy önállóan működő rendőri egységet Daisuke Aramaki és Motoko Kusanagi vezetésével, amely a kiber-bűncselekményekkel foglalkozik.